食品加工场所指的是：食品生产加工车间，尤其是加工直接入口食品的车间。这些加工场所内空气的卫生质量及微生物是造成食品污染，合格率下降的主要原因。对这些场所空气的消毒方法我们采用紫外线消毒和熏蒸消毒。
(一)紫外线杀菌消毒
目前所使用的紫外线杀菌灯是以253.7nm波长的短波紫外线。紫外线是一种低能量的电磁辐射，照射能量能产生激发作用。紫外线照射杀菌是使微生物细胞内核酸、原浆蛋白和酶发生化学变化而死亡。紫外线有广谱杀菌作用，可杀死包括细菌、结核杆菌、芽孢和真菌在内的多种微生物。
紫外线杀菌必须选择合适的波长并需要有足够的杀菌时间，紫外线的穿透能力差，因此必须直接照射到微生物表面或物体表面，才能起到杀菌作用。由于紫外线可以透过澄清、透明的水，因此可以用于生产用水的消毒。另外紫外线的杀菌效果受到温度(适宜20-40摄氏度)，湿度(60%)以下、悬浮物、有机物等的影响。
紫外线对人体有害，此类装置仅适用于无人在的情况下使用。
紫外线对物体表面杀菌具有特殊的意义，如食品加工场所所使用的工作台面、容器及必须进行消毒的纸张、衣物的表面均可以使用紫外线实施杀菌消毒。但紫外线穿透性能差，仅能杀灭能照射到的微生物，对照射不到的部位没有杀菌作用。对工具，物体表面实施消毒时，必须洗净除去污物，否则杀菌效果就要降低。安装紫外线灯应距离被消毒物1米左右，消毒有效区为灯管周围1.5米-2米处，时间为30分钟。
(二)熏蒸消毒
熏蒸消毒是利用消毒药物气体或烟雾，在密闭的空间内进行熏蒸达到消毒的目的。该方法既可以用于室内的空气消毒(污染的空气)，亦可用于处理污染的表面。食品生产经营场所应定期实施熏蒸消毒，以保证生产场所及空气的清新。
过氧乙酸熏蒸，过氧乙酸(过醋酸)为高效灭菌剂。为无色透明液体，有刺激性气味，易挥发。沸点110摄氏度，腐蚀性强，有漂白作用。
过氧乙酸熏蒸消毒适用于密封好的房间内污染表面处理。常用过的过氧乙酸为20%溶液，使用环境适宜在20摄氏度，相对湿度在70-90%，使用剂量为过氧乙酸1G/M3，熏蒸时间60-90分钟。达到规定时间后，要通风排气。