由于紫外线会杀死细胞，因此紫外线消毒时要注意不能直接照射到人的皮肤，尤其是人的眼睛，紫外线杀菌灯点亮时不要直视灯管，由于短波紫外线不透过普通玻璃，戴眼睛可避免眼睛受伤害。如果不小心眼睛受伤害，一般情况下也无关大碍，就像被太阳光灼伤一样，严重的可滴眼药水或人乳，帮助复原。在有人的场合，不要使用有臭氧的灯管，臭氧浓度高时对人不利的。
1、一些国产不合格的紫外线灯不能提供剩余的消毒能力，当处理水离开反应器之后，一些被紫外线杀伤的微生物在光复活机制下会修复损伤的DNA分子，使细菌再生。因此，要进一步研究光复活的原理和条件，确定避免光复活发生的最小紫外线照射强度、时间或剂量。
2、石英套管外壁的清洗工作是运行和维修的关键，当污水流经紫外线消毒器时，其中微生物容易生长形成生物膜，这些都会抑制紫外线的透射，影响消毒效果。因此，必须根据不同的水质采用合理的防结垢措施和清洗装置，开发研制具有自动清洗功能的紫外线消毒器。
3、目前国产紫外灯执行直管型石英紫外线低压汞消毒灯的国家行业标准，灯的最大功率为4W，且有效寿命一般为1000-3000h，而进口低压灯管的有效运行时间可达8000-12000h，中压灯管也可达5000-6000h。相比之下，使用国产灯管会增加维修费用。因此，研制生产寿命长的紫外线灯或直接引进国外先进的紫外灯生产技术是目前待解决的问题。
4、在我国目前污水厂紫外消毒系统招标中，有些污水厂由于大量工业污水的导入，使得排放的污水色度加深，但招标文件中的污水紫外透射率参数仍采用国外提供的数值，造成与国内污水实际情况差别很大，为将来紫外设备的运行达到消毒要求，留下了难以克服的障碍。