清扫鸡出栏后，将鸡粪、垫料、顶棚灰尘等清扫出舍，可移动的设备和用具也要搬出鸡舍，并在指定地点曝晒、清洗和消毒。鸡舍地面、墙壁、顶棚及附属设施上的灰尘、粪便、垫料、饲料、羽毛等，都要清扫到距鸡群一定距离的处理场。为防止病原体扩散，应适当喷洒消毒液。对不易清洗干净的裂缝、椽子背面、排气孔等地方，也要一处不漏地彻底清扫干净。
水洗在清扫的基础上进行水洗。要使消毒药液发挥效力，彻底刷洗干净是有效消毒的前提。所以，地面上的污物经水浸泡软化后，应用硬刷刷洗，如能采用动力喷水泵以高压冲刷更好。如果鸡舍排水设施不完善，则应在一开始就用消毒液清洗消毒，同时对被清洗的鸡舍周围喷洒消毒药。干燥一般在水洗后搁置1天左右使舍内干燥，如果水洗后立即喷洒消毒药液，其浓度即被消毒面的残留水所稀释，有碍于药液的渗透而降低消毒效果。
消毒的方式：
焚烧：用火焰喷射器对鸡舍的墙壁、地面、笼具等不怕燃烧的物品进行火焰消毒，特别是残存的羽毛、皮屑和粪便。
熏蒸：关闭门窗和风机，按每立方米空间用甲醛42毫升，高锰酸钾21克对鸡舍进行熏蒸消毒。
喷消毒液：消毒液的喷洒次序应该由上而下，先房顶、天花板，后墙壁、固定设施，最后是地面，不能漏掉被遮挡的部位。常用的消毒药有0.3%的过氧乙酸溶液、3%的烧碱溶液、3%的来苏儿液等。注意消毒药液要按规定浓度配制。鸡舍角落及物体背面，消毒药液喷洒量至少是每平方米3毫升。消毒后，最好空舍2～3周。
紫外线杀菌消毒：紫外线消毒是物理方式，不会产生二次污染及化学反应。关闭门窗，按总面积的多少布置紫外线杀菌灯，高度可设在1.5米左右，消毒时间45分钟左右。消毒时打开灯管即可，但是需要注意，消毒的时候人不能在鸡舍里边。